Идея создания коммерческого банка родилась в 1990 году и принадлежала двум доцентам кафедры финансов, денежного обращения и кредита Свердловского института народного хозяйства.
5 сентября 1991 года ВУЗ-банку была выдана лицензия Центрального Банка РФ на осуществление банковских операций. В соответствии с первой лицензией банк начал осуществлять операции в рублях с юридическими и физическими лицами. Уставный капитал банка складывался на паевой основе и на момент открытия составлял один миллион рублей. Основными учредителями «ВУЗ-банка» стали высшие учебные заведения города, а также некоторые промышленные предприятия региона и коммерческие банки.
Основными направлениями деятельности банка были кредитование программ по развитию экономической базы вузов Урала, содействие в формировании студенческих хозрасчетных структур и обслуживание предприятий.
В 1995 году ВУЗ-банк начал операции с иностранной валютой: был открыт обменный пункт, началось обслуживание импортеров.
В 1996 году ВУЗ-банк начал выпускать пластиковые карты Union Card. У ВУЗ-банка появились первые зарубежные банки-корреспонденты: "Moscow Narodny Bank" (Лондон), Ost-West Handels Bank (Франкфурт-на-Майне).
В 1997 году ВУЗ-банк получил лицензию профессионального участника рынка ценных бумаг; в том же году банк стал членом Екатеринбургской фондовой биржи.
В 1998 году ВУЗ-банк стал членом Уральской валютной биржи, значительно расширил спектр услуг для экспортеров и импортеров, вышел на лидирующие позиции на рынке обслуживания внешнеэкономических операций.
В 1999 году ВУЗ-банк был преобразован из паевого в открытое акционерное общество.
В 2000 году ВУЗ-банк вступил в международную платежную систему VISA International. Специалистами банка был запущен в работу первый в Свердловской области процессинговый центр по обслуживанию карт VISA, банк начал эмиссию карт.
В 2001 году ВУЗ-банк отметил 10 лет с начала работы и в два раза увеличил собственный капитал. Карта Visa ВУЗ-банка победила в конкурсе «Золотая карта Урала». Также в 2001 году банк начал подключение торговых точек по обслуживанию международных пластиковых карт, в банке был установлен первый банкомат, обслуживающий карты Visa.В 2001 году ВУЗ-банк выступил инициатором и организатором синдицированного кредита. Синдицированный кредит, в котором участвовало 5 региональных банков, явился первым в банковской практике не только Свердловской области, но и других регионов России.
В 2002 году ВУЗ-банк выступил финансовым консультантом компании «Уралэлектромедь» и организатором международного синдицированного кредита с российской стороны. Кредит организован на рекордную для Свердловской области сумму — 35 млн долларов США. В том же году ВУЗ-банк первым в России приступил к выпуску международных карт Visa Smart с имплантированным чиповым модулем.
В 2003 году в банке произошли глобальные структурные изменения: 15 января 2003 года между акционерами ВУЗ-Банка и московским Пробизнесбанком было достигнуто соглашение о приобретении последним контрольного пакета (94,5%). ВУЗ-банк стал первым региональным банком, вошедшим в финансовую группу «Лайф».
В 2004 году банк вступил в систему страхования вкладов.
В 2005 году ВУЗ-банк активизировал направление кредитования физических лиц — по итогам года количество выдач кредитов выросло более чем на 290% по сравнению с 2004 годом.
В 2006 году ВУЗ-банк расширил офисную сеть в Екатеринбурге: были открыты офисы в Ботаническом, Верх-Исетском районах, на Уралмаше. Также ВУЗ-банк переехал в новый головной офис по адресу ул. Малышева, 31б.
В 2007-2008 годах ВУЗ-банк продолжил политику расширения сети и выходит за пределы Свердловской области: отделения банка появляются в Кургане, Тюмени, Шадринске, Магнитогорске. Также были открыты офисы в Нижнем Тагиле и Каменске-Уральском.
По итогам 2008 года ВУЗ-банк, как и другие банки ФГ «Лайф», начал применять систему менеджмента, основанную на сбалансированной системе показателей — Balanced Scorecard (BSC). ВУЗ-банк стал победителем конкурса «Лучшее инновационное предприятие».
В 2010-2013 гг. ВУЗ-банк продолжил региональную экспансию. В 2010 году банк открыл 10 новых офисов, увеличив сеть присутствия в Уральском федеральном округе почти на треть: были открыты новые отделения в Челябинске, Магнитогорске, Тюмени, банк впервые пришел в Верхнюю Пышму, Первоуральск, Миасс, Тобольск.
В 2011 году ВУЗ-банк отметил 20-летний юбилей деятельности. Реализуя концепцию «домашнего банка УрФО», ВУЗ-банк открыл в регионе еще 12 отделений, в том числе первые офисы в Верхней Салде, Нижней Туре, Полевском, Серове, Ялуторовске.
Также в 2011 году ВУЗ-банк открыл первый в мире памятник банковской карте. Скульптором выступил екатеринбургский скульптор Сергей Беляев. На карте было выгравировано имя Эдварда Беллами — писателя-фантаста, который в своем романе «Взгляд в прошлое» в 1888 году первым выдвинул идею кредитных карт.
В 2012 году количество офисов ВУЗ-банка в УрФО превысило 50, были открыты офисы в Сургуте, Нижневартовске, Нефтеюганске, Новом Уренгое, Нягани, Ноябрьске. Выросли и финансовые показатели банка — чистые активы превысили 12 млрд. рублей, собственный капитал — 1,5 млрд рублей. ВУЗ-банк начал продажу предоплаченных подарочных карт MasterCard Gift.
В 2012-2013 году ВУЗ-банк запустил мобильные приложения для клиентов – физ.лиц для iOS и Android.
В 2014 году в Екатеринбурге ВУЗ-банк совместно с УрГЭУ провел акцию «Трамвай финансовой грамотности». Размер чистых активов банка по итогам 2014 года составил более 14 млрд. рублей, капитал — более 1,9 млрд. рублей.
В августе 2015 года в связи с отзывом лицензии «Пробизнесбанка» в банках группы «Лайф» была введена временная администрация Агентства по страхованию вкладов.
В октябре 2015 года, в соответствии с программой финансового оздоровления банка, в качестве нового инвестора ВУЗ-банка Агентством по страхованию вкладов был утвержден Уральский банк реконструкции и развития (УБРиР). В ноябре 2015 года УБРиР стал владельцем 99,99999% акций ВУЗ-банка. В ноябре-декабре 2015 года в банке было полностью возобновлено предоставление основной линейки услуг для физических и юридических лиц. В декабре 2015 года была полностью обновлена линейка вкладов для физ.лиц.
В феврале 2016 года в ВУЗ-банке была досрочно завершена работа временной администрации Агентства по страхованию вкладов. На внеочередном общем собрании акционеров банка был избран состав совета директоров ВУЗ-банка. 11 февраля 2016 года совет директоров утвердил новый состав правления ВУЗ-банка, в качестве Председателя Правления ВУЗ-банка был утвержден Геннадий Викторович Изевлин.
В мае 2016 года объем вкладов физ.лиц, размещенных в ВУЗ-банке, впервые за 24 года деятельности банка превысил 10 миллиардов рублей. За полгода с ноября 2015 года объем вкладов физ.лиц в банке вырос более чем на 35%.
По состоянию на май 2016 года более 50 отделений ВУЗ-банка работают в 29 городах во всех регионах УрФО, банк имеет более 300 000 клиентов, входит в ТОП-5 банков Свердловской области по размеру активов, кредитному и депозитному портфелям, ТОП-10 банков Свердловской области по величине филиальной сети.